Alinhamento de seqüências biológicas em

arquiteturas com memória distribuída

Autor	Peranconi, Daniela Saccol;
Lattes do autor	http://lattes.cnpq.br/8208746181440049;
Orientador	Cavalheiro, Gerson Geraldo Homrich;
Instituição	Universidade do Vale do Rio do Sinos;
Sigla da instituição	UNISINOS;
País da instituição	Brasil;
Instituto/Departamento	Escola Politécnica;
Idioma	pt_BR;
Título	Alinhamento de seqüências biológicas em arquiteturas com memória distribuída;
Resumo	A utilização de aglomerados de computadores na solução de problemas que demandam grande quantidade de recursos computacionais vem se mostrando uma alternativa interessante. aglomerados são economicamente viáveis e de fácil manutenção, oferecendo poder computacional equivalente ao de supercomputadores. No entanto, o desenvolvimento de aplicações para este tipo de arquitetura é complexo, uma vez que envolve questões não presentes na programação seqüencial, como a comunicação de dados e a sincronização de tarefas concorrentes, problemas estes que, em geral, são tratados em supercomputadores por pacotes de software especializados. Neste contexto, este trabalho apresenta o desenvolvimento de um mecanismo de suporte à comunicação sobre aglomerados de computadores, focado na exploração desta plataforma de hardware para o processamento de alto desempenho. O mecanismo criado e disponibilizado sob a forma de uma biblioteca de funções em C, é baseado no modelo de Mensagens Ativas. Sua implementação é realizada na cama;
Abstract	The use of cluster of computers for solving problems that require a great quantity of computational resources is becoming an interesting alternative. Clusters are economically feasible and of easy maintenance, offering a computational power equivalent to that of supercomputers. However developing applications for this kind of architecture is complex because it involves issues that are not present in the sequential programming such as data communication and concurrent tasks synchronization, problems that usually are handled by specialized software packages in supercomputers. Considering this context, this work presents the development of a mechanism for supporting communication on clusters of computers focused on exploring this hardware platform for high performance processing. The mechanism was created as a library of functions written in C and it is based on the Active Messages model. Its implementation was performed on the applicative level, using light multiprogramming techniques as programming resou;
Palavras-chave	memória distribuída; mensagens ativas; multiprogramação leve; processamento de alto desempenho; alinhamento de seqüências; Multiprogramação; active aessages; distributed memory; high performance processing; multithreading; sequence alignment;
Área(s) do conhecimento	Ciências Exatas e da Terra;
Tipo	Dissertação;
Data de defesa	2005-03-04;
Agência de fomento	Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior;
Direitos de acesso	openAccess;
URI	http://www.repositorio.jesuita.org.br/handle/UNISINOS/2203;
Programa	Programa de Pós-Graduação em Computação Aplicada;