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Arquitetura computacional para simulação de redes metabólicas em larga escala
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| Autor | Bedin, Guilherme Balestieri; |
| Lattes do autor | http://lattes.cnpq.br/7957007767414024; |
| Orientador | Lemke, Ney; |
| Instituição | Universidade do Vale do Rio do Sinos; |
| Sigla da instituição | UNISINOS; |
| País da instituição | Brasil; |
| Instituto/Departamento | Escola Politécnica; |
| Idioma | pt_BR; |
| Título | Arquitetura computacional para simulação de redes metabólicas em larga escala; Computational Architecture for Metabolic Network Large Scale Simulation; |
| Resumo | A quantidade de dados disponíveis a respeito do funcionamento das células vêm aumentando a cada dia. Muitos organismos tiveram suas redes metabólicas caracterizadas. O estudo destas redes possibilita uma melhor compreensão dos processos envolvidos no funcionamento da célula, podendo ser utilizado no desenho racional de drogas e na predição de seus efeitos colaterais. Uma das principais ferramentas para o estudo de redes metabólicas é a simulação computacional, mas quanto maiores e mais complexas forem estas redes maior será o custo computacional para simulá-las. Estes sistemas possuem uma natureza estocástica, podendo seguir caminhos diferentes dependendo das condições do ambiente. A computação das simulaçõoes das redes metabólicas usando um modelo estocástico pode ser realizada de forma distribuída, mas seu custo computacionalmente é alto. Em contrapartida, a tecnologia de grid de computadores vêm evoluindo e tornando-se uma alternativa aos supercomputadores para processamento de alto desempenho. O uso de gr; |
| Abstract | The amount of biological data is growing every day. Many organisms had their metabolic networks characterized. These studies permit a better understanding of cell behavior, and can be used to aid rational drug design and prediction of its side e®ects. One of the main tools to explore metabolic networks is computer simulations, but the size and complexity of networks impacts on the simulation costs. These systems have a stochastic behavior, they can take di®erent paths depending on environmental conditions. Metabolic network simulation using a stochastic model computation can be distributed, but they have a high computational cost. On the other hand, the grid technology is evolving and becaming an alternative to supercomputers on high performance computing. The study of complex metabolic networks can be done on acceptable time by the employment of grids. In this work we describe an implementation of a computational architeture to execute this kind of large scale simulation. This architeture explores charecter; |
| Palavras-chave | arquitetura de redes; simulação computacional; informática; |
| Área(s) do conhecimento | Ciências Exatas e da Terra; |
| Tipo | Dissertação; |
| Data de defesa | 2005-02-23; |
| Agência de fomento | Nenhuma; |
| Direitos de acesso | openAccess; |
| URI | http://www.repositorio.jesuita.org.br/handle/UNISINOS/2204; |
| Programa | Programa de Pós-Graduação em Computação Aplicada; |
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PPG Computação Aplicada [359]
PPG Computação Aplicada