DNA Barcoding helping the identification of Brazilian cetaceans
| Orientador(a) (dc.contributor.advisor) | Oliveira, Larissa Rosa de | |
| Coorientador(a) (dc.contributor.advisor-co1) | Valiati, Victor Hugo | |
| Lattes Coorientador(a) (dc.contributor.advisor-co1Lattes) | http://lattes.cnpq.br/0352640252677539 | pt_BR |
| Lattes Orientador(a) (dc.contributor.advisorLattes) | http://lattes.cnpq.br/2346014398624345 | pt_BR |
| Autor(a) (dc.contributor.author) | Silva, Vanessa Souza | |
| Autor(a) Lattes (dc.contributor.authorLattes) | http://lattes.cnpq.br/9901145146391650 | pt_BR |
| Data de Disponibilização (dc.date.accessioned) | 2025-08-28T14:54:04Z | |
| dc.date.available (dc.date.available) | 2025-08-28T14:54:04Z | |
| Data da defesa / Data do evento (dc.date.issued) | 2019-11-28 | |
| Abstract (dc.description.abstract) | Cytochrome C Oxidase Subunit I (COI) is the mitochondrial gene recognized as the DNA Barcoding and used to identify different animal species. In the case of cetaceans (porpoises, whales and dolphins), the COI can assist in more accurate identification and/or confirm the morphological identity of specimens found in advanced state of decomposition on the Brazilian coast, without evident external diagnostic characters. This study aimed to test the efficiency of the COI in the specific identification of most of the 47 species of cetaceans off the Brazilian coast and to generate their respective sequences for depositing them in public sequence databases, in order to subsidize new work by researchers from any country. Part of the world. To this end, the COI was amplified to 152 specimens collected by 13 Brazilian institutions and sent for analysis. The comparison between the sequences obtained and those of cetacean species previously deposited in GenBank was made by the Blast tool, which is based on the similarity between the sequences, which was performed on the Barcode Of Life Data System platform. In addition, most samples had a specimen deposited in a scientific collection as witness material, or specimen images, which allowed their a priori morphological identification in cases where morphological identification diverged from molecular identification. As a result, COI sequences were obtained from 33 species, which represent 70% of the 47 cetacean fauna recorded for the Brazilian coast. Of the 152 sequences analyzed, the COI gene was inefficient in identifying only two species: Stenella coeruleoalba and S. clymene due to the absence of the so-called “gap barcode”, i.g., the absence of well-established inter and intraspecific limits. These results suggest that barcode DNA was efficient in identifying the great majority of cetacean specimens (~93%) studied. However, for species of Delphinidae family the identification should be integrated with other methods, such as Cyt b, nuclear DNA and morphological character analysis whenerver possible. | en |
| Resumo (dc.description.resumo) | A Citocromo C Oxidase Subunidade I (COI) é o gene mitocondrial reconhecido como o código de barras do DNA (DNA Barcoding) e utilizado para identificar diferentes espécies animais. No caso dos cetáceos (botos, baleias e golfinhos), o COI pode auxiliar na identificação mais precisa e/ou confirmar a identidade morfológica de espécimes encontrados em estado avançado de decomposição no litoral brasileiro, sem caracteres diagnósticos externos evidentes. Este estudo teve como objetivos testar a eficiência do COI na identificação específica da maioria das 48 espécies de cetáceos ocorrentes na costa brasileira e gerar suas respectivas sequências para depositá-las em bancos de dados públicos de sequências (BrBol, FishBol e GenBank), a fim de subsidiar novos trabalhos por pesquisadores de qualquer parte do mundo. Para tanto, o COI foi amplificado para 152 espécimes coletados por 13 instituições brasileiras e enviadas para análise. A comparação entre as sequências obtidas e as das espécies de cetáceos previamente depositadas no GenBank foi feita pela ferramenta Blast, a qual é baseada na similaridade entre as sequências. Além disso, cada amostra possuía um espécime depositado em coleção científica como material testemunho, o que permitiu sua identificação morfológica a priori. Como resultado, foram obtidas 152 sequências de COI de 33 espécies, as quais representam 70% da fauna dos 47 cetáceos registrados para a costa brasileira. Foram geradas sequências de COI das seguintes espécies: Eubalaena australis (n=5), Balaenoptera acutorostrata (n=4), Balaenoptera bonaerensis (n=2), Balaenoptera brydei (n=5), Balaenoptera physalus (n=1), Megaptera novaeangliae (n=9), Physeter macrocephalus (n=9), Kogia breviceps (n=2), Kogia sima (n=6), Berardius arnuxii (n=1), Mesoplodon europaeus (n=1), Ziphius cavirostris (n=5), Delphinus delphis (n=9), Globicephala melas (n=1), Lagenodelphis hosei (n=7), Peponocephala electra (n=4), Pseudorca crassidens (n=8), Stenella attenuata (n=4), Stenella clymene (n=6), Stenella coeruleoalba (n=5), Stenella frontalis (n=4), Stenella longirostris (n=5), Steno bredanensis (n=4), Tursiops truncatus (n=9), Pontoporia blainvillei (n=12), Inia geoffrensis (n=2), Inia araguaiaensis (n=3). Apenas nos gêneros Stenella e Delphinus o gene COI não foi capaz de identificar suas espécies de maneira consistente, quando comparado com os caracteres anatômicos do material depositado em coleção. Estes resultados sugerem a necessidade da continuidade deste estudo bem como reforça a importância da combinação de caracteres morfológicos e moleculares para identificação de cetáceos. | pt_BR |
| Agência de fomento (dc.description.sponsorship) | Nenhuma | pt_BR |
| URI (dc.identifier.uri) | http://repositorio.jesuita.org.br/handle/UNISINOS/13788 | |
| Idioma (dc.language) | pt_BR | pt_BR |
| Nome da instituição (dc.publisher) | Universidade do Vale do Rio dos Sinos | pt_BR |
| País da Instituição (dc.publisher.country) | Brasil | pt_BR |
| Departamento (dc.publisher.department) | Escola Politécnica | pt_BR |
| Sigla da Instituição (dc.publisher.initials) | Unisinos | pt_BR |
| Programa (dc.publisher.program) | Programa de Pós-Graduação em Biologia | pt_BR |
| Direitos de acesso ao documento (dc.rights) | openAccess | pt_BR |
| Assunto (dc.subject) | Cetáceos | pt_BR |
| Assunto (dc.subject) | Encalhe | pt_BR |
| Assunto (dc.subject) | Morfológico | pt_BR |
| Assunto (dc.subject) | Identificação | pt_BR |
| Assunto (dc.subject) | Molecular | pt_BR |
| Assunto (dc.subject) | Cetaceans | en |
| Assunto (dc.subject) | Stranding | en |
| Assunto (dc.subject) | Morphological | en |
| Assunto (dc.subject) | Identification | en |
| Tema (CNPq) (dc.subject.cnpq) | ACCNPQ::Ciências Biológicas::Biologia Geral | pt_BR |
| Título (dc.title) | DNA Barcoding helping the identification of Brazilian cetaceans | pt_BR |
| Tipo de arquivo (dc.type) | Dissertação | pt_BR |
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