O escoamento de efluentes domésticos e industriais nos sistemas hídricos pode afetar a composição das espécies de peixes nas comunidades. No Rio Grande do Sul, o Rio dos Sinos concentra, na região da planície, uma grande quantidade de indústrias coureiro calçadistas, metalúrgicas, têxteis e petroquímicas. Considerando a descarga contínua de efluentes no Rio dos Sinos e a ausência de conhecimentos das respostas das comunidades ictiícas diante de impactos dessa proporção, os objetivos do presente estudo foram: (1) Verificar os efeitos da poluição crônica sobre a composição e a diversidade das comunidades em uma escala temporal de aproximadamente dez anos (2) Averiguar os efeitos da poluição aguda em uma escala espacial, comparando um trecho afetado com outro não afetado pela mortalidade de aproximadamente 100 toneladas de peixes em outubro de 2006. As amostragens foram realizadas sazonalmente no período de setembro de 2007 a março de 2009, em seis locais do Rio dos Sinos: Fraga, Caraá, Parobé, São Leopoldo, Sapucaia do Sul e Canoas. Nas localidades de Fraga, Caraá, Parobé e São Leopoldo as coletas foram realizadas nos pontos idênticos aos do levantamento histórico de dez anos atrás. A metodologia aplicada consistiu em uma bateria de sete redes de espera e pesca elétrica. Um total de 8481 foi amostrado no presente estudo, pertencentes a sete ordens, 21 famílias e 68 espécies. A riqueza e a CPUE apresentaram diferenças significativas entre o estudo atual e o histórico. O trecho afetado pela mortalidade de peixes apresentou valores significativamente mais elevados de riqueza e de CPUE do que, o trecho não afetado. Em virtude dos resultados obtidos no presente estudo foi verificado que o aumento da riqueza e a diminuição da CPUE dos pontos em comum com o estudo histórico não estiveram relacionados com a proporção de espécies resistentes e sensíveis, mas sim com interações ecológicas. A poluição aguda e a crônica influenciaram temporal e espacialmente, respectivamente a composição das espécies. Entretanto, o Rio dos Sinos, após anos de exposição a poluentes de diversas origens ainda consegue manter condições favoráveis ao estabelecimento de muitas espécies. Entretanto, devido à descarga contínua de efluentes, muitas destas espécies poderão ser eliminadas, acarretando em uma diminuição profunda em sua diversidade.