O posicionamento estratégico dos Programas de Pós-Graduação (PPGs) stricto sensu brasileiros, em Instituições de Ensino Superior (IES) privadas confessionais, apresenta desafios frente à complexidade dinâmica do setor acadêmico privado. Essa complexidade explica-se diante da necessidade de compreensão da inter-relação de indicadores de avaliação da CAPES e de indicadores de sustentabilidade desses PPGs. Este trabalho propõe um método, baseado em referenciais da dinâmica de sistemas, visando apoiar a elaboração do posicionamento estratégico de PPGs dessa natureza. O método de pesquisa utilizado é o design research, tendo sido estruturado em nove etapas de trabalho, nas quais foram desenvolvidas duas versões do método proposto, em função de sucessivos refinamentos. As etapas de desenvolvimento (ou seja, a aplicação do método) foram realizadas em um PPG da área de concentração Engenharia III da CAPES. O trabalho limita-se a analisar o aprendizado sobre o processo de elaboração, com base em apenas um caso selecio